在《新世纪福音战士》的结局中，明日香因终日抑郁而陷入昏迷的状态，新出现的少年渚薰取代她作为二号机的驾驶员 。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒 。薰同真嗣对战，之后意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死，并要求真嗣杀了他...